Rezonans magnetyczny pozwala na bardzo precyzyjne zobrazowanie struktur mózgowia, a także układu naczyniowego i układu nerwowego czaszki. Dzięki temu badaniu możliwe jest wykrycie m.in. wad rozwoju mózgu, problemów z funkcjonowaniem nerwów, zaburzeń krążenia czaszkowego, a także nieprawidłowości w budowie kręgów rdzenia kręgowego. Rezonans stosuje się też w diagnostyce chorób demielinizacyjnych oraz chorób nowotworowych. W odróżnieniu od tomografii komputerowej, rezonans magnetyczny pozwala zajrzeć do wnętrza czaszki. Cena badania prywatnie zawiera się w zakresie ok. 300 - 500 zł, nie licząc kontrastu.